Tài liệu Phát hiện đồng thời virus cúm A và Human Metapneumovirus (hMPV) trên mẫu phết ở họng mũi bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR: Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 251
PHÁT HIỆN ĐỒNG THỜI VIRUS CÚM A
VÀ HUMAN METAPNEUMOVIRUS (hMPV)
TRÊN MẪU PHẾT Ở HỌNG MŨI BẰNG KỸ THUẬT MULTIPLEX RT-PCR
Nguyễn Đại Thức*, Dương Ngọc Anh Trang**, Nguyễn Ngọc Tấn**, Nguyễn Thu Ngọc***
TÓM TẮT
Đặt vấn đề: Virus cúm A và human Metapneumovirus (hMPV) là hai trong số các virus gây ra bệnh nhiễm
trùng cấp tính đường hô hấp phổ biến nhất. Bệnh do 2 loại virus này có triệu chứng tương tự nhau như ho, hắt
hơi, sốt cao kéo dài, mệt mỏi, thường không gây nguy hiểm nhưng trong một số trường hợp phát hiện và điều trị
muộn vẫn có thể gây tử vong ở người, như virus cúm A/H5. Chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm mục đích xây
dựng quy trình chẩn đoán đồng thời hai loại virus nói trên trong cùng một phản ứng PCR.
Phương pháp: Khảo sát hoạt động của primer trên phản ứng RT – PCR làm tiền đề xây dựng và tối ưu hóa
quy trình multiplex RT - PCR phát hiện đồng ...
8 trang |
Chia sẻ: Đình Chiến | Ngày: 29/06/2023 | Lượt xem: 383 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Phát hiện đồng thời virus cúm A và Human Metapneumovirus (hMPV) trên mẫu phết ở họng mũi bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 251
PHÁT HIỆN ĐỒNG THỜI VIRUS CÚM A
VÀ HUMAN METAPNEUMOVIRUS (hMPV)
TRÊN MẪU PHẾT Ở HỌNG MŨI BẰNG KỸ THUẬT MULTIPLEX RT-PCR
Nguyễn Đại Thức*, Dương Ngọc Anh Trang**, Nguyễn Ngọc Tấn**, Nguyễn Thu Ngọc***
TÓM TẮT
Đặt vấn đề: Virus cúm A và human Metapneumovirus (hMPV) là hai trong số các virus gây ra bệnh nhiễm
trùng cấp tính đường hô hấp phổ biến nhất. Bệnh do 2 loại virus này có triệu chứng tương tự nhau như ho, hắt
hơi, sốt cao kéo dài, mệt mỏi, thường không gây nguy hiểm nhưng trong một số trường hợp phát hiện và điều trị
muộn vẫn có thể gây tử vong ở người, như virus cúm A/H5. Chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm mục đích xây
dựng quy trình chẩn đoán đồng thời hai loại virus nói trên trong cùng một phản ứng PCR.
Phương pháp: Khảo sát hoạt động của primer trên phản ứng RT – PCR làm tiền đề xây dựng và tối ưu hóa
quy trình multiplex RT - PCR phát hiện đồng thời virus cúm A và hMPV từ dịch phết họng mũi bệnh nhân.
Khảo sát trên mẫu dịch phết họng mũi lâm sàng của bệnh nhân ghi ngờ nhiễm bệnh.
Kết quả: Chọn được nhiệt độ bắt cặp tối ưu của hệ primer là 55oC; nồng độ tối ưu cả hệ primer lần lượt cho
virus cúm A và hMPV là 0,48 µM và 0,56 µM. Sự đặc hiệu của hệ primer được khẳng định khi kết quả phản
ứng PCR chỉ cho kết quả dương tính với RNA khuôn mẫu của hai virus nói trên trong khi âm tính với các virus
cúm B, Respiratory syncytial virus (RSV), Adeno virus, Rhino virus, Parainfluenza virus (PIV) cũng gây bệnh
về đường hô hấp có các triệu chứng tương tự hai loại virus mục tiêu. Quy trình multiplex RT - PCR có độ đặc
hiệu cao và độ nhạy đạt 0,002 pg/µl. Kết quả kiểm tra thực nghiệm trên 14 mẫu thu từ bệnh nhân cho thấy có 3
mẫu phết họng-mũi cho kết quả dương tính với virus cúm A, 1 mẫu phết họng-mũi dương tính với virus hMPV,
nhưng chưa phát hiện thấy mẫu đồng nhiễm cả hai loại virus.
Kết luận: Đã xây dựng và tối ưu hóa thành công quy trình multiplex RT-PCR phát hiện đồng thời hai loại
virus hô hấp đang lưu hành.
Từ khóa: virus cúm A, human metapneumovirus (hMPV)
ABSTRACT
DETECTION INFLUENZA A VIRUS AND HUMAN PNEUMOVIRUS (hMPV)
ON NASOPHARYNGEAL SPECIMEN BY USING MUTIPLEX RT-PCR
Nguyen Dai Thuc,Duong Ngoc Anh Trang, Nguyen Ngoc Tan, Nguyen Thu Ngoc
* Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 – No. 5 - 2019: 251 – 258
Background: Influenza A virus and human Metapneumovirus (hMPV) are two of the most common acute
respiratory infections. Diseases caused by these two viruses have similar symptoms such as coughing, sneezing,
prolonged high fever, fatigue, in most case, they do not cause serious illness but sometime ca cause death, such as
influenza A/H5 virus. We carried out this project with the aim of building a concurrent diagnostic procedure for
the two viruses mentioned in the same PCR reaction.
Methods: Investigation of primers activity on RT-PCR reaction is a premise to build and optimize multiplex
RT - PCR process to simultaneously detect influenza A virus and hMPV from patient's nasal throat swab.
Experimental results on 14 samples from patients showed that 3 clinical specimens tested positive for influenza A
virus and only one clinical specimen tested positive for hMPV, no co - infected specimens were found.
*Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh **Đại học Nông Lâm ***Viện Pasteur TP.Hồ Chí Minh
Tác giả liên lạc: ThS. Nguyễn Đại Thức ĐT: 0916347616 Email: nguyendaithuctb@gmail.com
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 252
Results: In order to determine the PCR conditions, the results showed that the optimal pairing temperature
of the primer set was at 55°C; the optimal primers concentration of influenza A virus and hMPV were 0.48 µM
and 0.56 µM, respectively. Specificity of the primer system was confirmed when the PCR results were positive for
the RNA template of the two viruses while negative for the other viruses, which also causes respiratory illnesses
with similar symptoms to the two target viruses, such as influenza B virus, Respiratory syncytial virus (RSV),
Adeno virus, Rhino virus, Parainfluenza virus (PIV). The multiplex RT - PCR has high specificity and
sensitivity at 0.002 pg/µl. Experimental results on 14 samples from patients showed that 3 clinical specimens
tested positive for influenza A virus and only one clinical specimen tested positive for hMPV, no co - infected
specimens were found.
Conclusion: Successfully developed and optimized multiplex RT-PCR process for simultaneous detection of
two circulating respiratory viruses.
Keywords: influenza A virus, human metapneumovirus (hMPV)
ĐẶT VẤN ĐỀ
Virus cúm A và human Metapneumovirus
(hMPV) là hai trong số các virus gây ra bệnh
nhiễm trùng cấp tính đường hô hấp phổ biến
nhất trên người(2,3). Virus cúm A dễ lây lan thành
dịch nên sau khi thu mẫu từ bệnh nhân bị nghi
ngờ nhiễm virus hô hấp, nếu cúm A dương tính
sẽ không kiểm tra tiếp virus hMPV. Như vậy sẽ
bỏ sót các trường hợp mẫu đồng nhiễm cả hai
loại virus này. Mặc dù phương pháp qRT - PCR
có khả năng phát hiện virus trong khoảng thời
gian ngắn nhưng sinh phẩm hóa chất khá đắt
tiền và khó khăn trong việc thiết kế phản ứng
phát hiện đồng thời các virus trong cùng một
phản ứng, dẫn đến việc âm tính giả một trong
hai loại virus khi có sự đồng nhiễm. Từ những
hạn chế trên “Phát hiện đồng thời virus cúm A
và human Metapneumovirus (hMPV) trên mẫu
bệnh phẩm người bằng kỹ thuật multiplex RT-
PCR” được thực hiện nhằm xây dựng kỹ thuật
multiplex RT-PCR trên nền tảng của kỹ thuật
RT-PCR đơn để hỗ trợ công tác chẩn đoán và
điều trị.
Mục tiêu nghiên cứu
Tối ưu quy trình multiplex RT-PCR phát
hiện đồng thời virus cúm A và hMPV từ dịch
phết họng-mũi bệnh nhân.
ĐỐI TƯỢNG-PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Đối tượng nghiên cứu
Nghiên cứu cắt ngang với phương pháp
chọn mẫu thuận tiện được thực hiện trên 14 mẫu
dịch phết họng - mũi nghi ngờ nhiễm virus cúm
A và hMPV do bệnh viện Nhi Đồng 1 và Bệnh
viện Bệnh Nhiệt Đới gửi đến.
Sử dụng đối chứng dương của virus cúm A
và hMPV và các mẫu đối chứng âm là các mẫu
dương tính Adeno virus, virus cúm B, RSV,
Rhino virus, PIV 1, 2, 3 do Trung tâm cúm Quốc
gia cung cấp. Primer sử dụng có trình tự do Tổ
chức Y tế Thế giới (WHO) công bố và tổng hợp
bởi công ty Intergrated DNA Technology
(IDT)(5,7).
Phương pháp nghiên cứu
Tách chiết RNA
Sử dụng kít QIAamp Viral RNA Mini của
hãng QIAGEN - Mỹ. Thực hiện tách chiết mẫu
dịch phết họng, mũi theo hướng dẫn đính
kèm(5,6).
Kiểm tra primer bằng phần mềm
Sử dụng các phần mềm sinh tin học kiểm tra
các thông số và đặc tính vật lý của các cặp
primer sử dụng (Bảng 1, 2).
Kiểm tra primer về mặt thực nghiệm: phản ứng
RT-PCR đơn
Thành phần phản ứng RT - PCR với tổng thể
tích là 22,5 µl, trong đó: Nước không chứa
RNase: 13,6 µl; RT - PCR Buffer 5X:5 µl; Primer F
và primer R: 2,4 µl; dNTPs: 0,5 µl ; Enzyme: 1 µl
và RNA mẫu: 2,5 µl(4). Điện di sản phẩm RT-PCR
trên gel agarose 2% ở 150V- 50 phút, quan sát kết
quả dưới tia UV trong máy chụp gel (UVP)(4,6).
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 253
Bảng 1. Trình tự primer phát hiện virus cúm A
Tên primer Gen đích Trình tự Vị trí bắt cặp Sản phẩm PCR (bp)
A/M30F
M1, M2
5’ - TTC TAA CCG AGG TCG AAA CG - 3’ 18 - 37
232 bp A/M264R2 5’ - ACA AAG CGT CTA CGC TGC AG - 3’ 230 - 249
A/M30F: primer xuôi A/M264R2: primer ngược (WHO - SOP 2008)
Bảng 2. Trình tự primer phát hiện hMPV
Tên primer Gen đích Trình tự Vị trí bắt cặp Sản phẩm PCR (bp)
MPV/M1a
M
5’ - GGA GTC CTA CCT AGT AGA C - 3’ 3 - 21
537 bp MPV/M2 5’ - GCA GCT TCA ACA GTA GCT G - 3’ 521 - 539
MPV/M1a: primer xuôi MPV/M2: primer ngược (WHO - SOP 2008)
Khảo sát hoạt động của các primer đơn
Thực hiện phản ứng RT - PCR đơn nhằm
kiểm tra sự hoạt động của các primer với RNA
của hai mẫu đối chứng (+) đại diện cho hai cặp
primer là virus cúm A và hMPV. Điện di sản
phẩm RT – PCR.
Khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các primer đơn
Bảng 3. Thí nghiệm về nhiệt độ bắt cặp trong phản
ứng RT – PCR
Giai đoạn Nhiệt độ (oC) Thời gian Chu kỳ
Phản ứng phiên mã
ngược
50 30 phút 1
Hoạt hóa phản ứng
PCR
94 15 phút 1
Biến tính 94 30 giây
40
Bắt cặp 50, 53, 55, 57, 60 30 giây
Kéo dài 72 1 phút
Hậu kéo dài 72 10 phút 1
Khảo sát hoạt động của hệ primer
Tiến hành phản ứng multiplex RT - PCR với
mẫu RNA đối chứng dương (theo tỷ lệ 1:1). Điện
di sản phẩm RT - PCR nhằm kiểm tra kích thước
vạch sẵn.
Khảo sát nồng độ hệ primer
Khảo sát nồng độ từ 0,36 µM đến 0,56 µM.
Thu sản phẩm RT - PCR, tiến hành điện di, phân
tích kết quả chọn nồng độ các primer tối ưu cho
cả quá trình.
Khảo sát độ đặc hiệu của hệ primer
Nhằm kiểm tra sự bắt cặp đặc hiệu của hệ
primer khi khảo sát với các virus khác. Sử dụng
các virus cúm B, Adeno virus, RSV, Rhino virus,
PIV 1, 2, 3 như là đối chứng âm.
Khảo sát giới hạn phát hiện của phản ứng multiplex
RT - PCR phát hiện virus cúm A và hMPV
Trộn lẫn RNA tổng số của virus cúm A và
hMPV theo tỷ lệ 1:1, pha loãng thành các độ pha
loãng cách nhau 10 lần, nồng độ RNA tổng số
ban đầu 10-1. Ghi nhận nồng độ RNA thấp nhất
mà cả hai loại virus vẫn cho kết quả dương tính.
KẾT QUẢ
Kiểm tra sự phù hợp của các primer trên phần
mềm sinh tin học
Kết quả khảo sát các điều kiện của phản ứng
multiplex RT - PCR Kết quả khảo sát khả năng
hoạt động của các primer đơn (Bảng 4).
Sản phẩm RT - PCR đơn cho thấy ở cả hai
giếng chứa RNA virus A và hMPV xuất hiện
vạch kích thước như dự đoán, lần lượt là: 232 bp
và 537 bp, không xuất hiện vạch sản phẩm phụ
(Hình 1).
Bảng 4. Các đặc tính của hệ primer
Oligonucleotide % GC Tm (oC)
ΔG Hairpin
(kcal/mole)
ΔG Seft
Dimer (kcal/mole)
ΔG Hetero - Dimer (kcal/ mole)
A/ M30F A/ M264R2 MPV/M1a MPV/ M2
A/ M30F 50 54,5 -1,3 -6,76 - -4,95 -6,01 -3,52
A/ M264R2 55 58,1 -3,97 -10,24 -4,95 - -6,82 -9,83
MPV/ M1a 52,6 52,6 -1,04 -4,64 -6,01 -6,82 - -3,9
MPV/ M2 52,6 53,9 -2,98 -8,29 -3,52 -9,83 -3,9 -
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 254
Hình 1. Kết quả điện di RT - PCR đơn.
(1)-(2) đối chứng âm của virus cúm A, hMPV;
(3)-(4) RNA tách chiết từ virus cúm A,hMPV;
(M) thang chuẩn 100 bp
Kết quả khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các
primer đơn
Khảo sát nhiệt độ bắt cặp cho từng cặp
primer trên dãy nhiệt độ 50-60oC. Chọn được
nhiệt độ 55oC cho vạch sản phẩm có cường độ
sáng, rõ, không có vạch sản phẩm phụ ở cả hai
loại virus (Hình 2).
Kết quả khảo sát khả năng hoạt động của hệ primer
Phản ứng multiplex RT - PCR sử dụng đồng
thời hai cặp primer với mẫu RNA của hai loại
virus trộn theo tỷ lệ 1:1. Kết quả điện di cho kích
thước sản phẩm ở giếng chứa mẫu trộn lẫn virus
cúm A và hMPV xuất hiên đồng thời 2 vạch sản
phẩm và có kích thước tương tự mẫu RNA từng
loại virus (Hình 3).
Hình 2. Kết quả điện di khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các primer. (M) thang chuẩn 100 bp;(-) đối chứng âm RT-PCR
Hình 3. Kết quả điện di multiplex RT – PCR
(1)-(2) đối chứng âm; (3)-(4) RNA tách chiết từ virus cúm A, hMPV; (5) multiplex RT-PCR; (M) thang chuẩn 100 bp.
1 2 3 4 M
537 bp
500 bp
232 bp
200 bp
1 2 3 4 5 M
537 bp
500 bp
232 bp
200 bp
Virus cúm A hMPV
M
50 53 55 57 60 50 53 55 57 60
(oC)
500 bp 537 bp
232 bp
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 255
Kết quả khảo sát nồng độ của hệ primer
Bảng 5. Các giá trị nồng độ hệ primer (µM)
Primer Nồng độ primer (µM)
Virus cúm A 0,36 0,36 0,36 0,48 0,48 0,48 0,56 0,56 0,56
hMPV 0,36 0,48 0,56 0,36 0,48 0,56 0,36 0,48 0,56
Hình 4. Kết quả điện di khảo sát nồng độ primer
Từ (1) đến (9) multiplex RT - PCR với hai nguồn RNA tách chiết từ hai virus cúm A và hMVP có nồng độ hệ primer thay
đổi; (-): đối chứng âm multiplex RT - PCR; (M): thang chuẩn 100 bp
Kết quả khảo sát độ đặc hiệu của hệ primer
Hình 5. Kết quả điện di khảo sát độ đặc hiệu.
(1): multiplex RT - PCR với hai nguồn RNA virus cúm A và hMPV; (2) đối chứng âm của multiplex RT - PCR;
(3)-(9) multiplex RT - PCR với các RNA các virus khác; (M): thang chuẩn 100 bp
Kết quả khảo sát giới hạn phát hiện của phản ứng
Hình 6. Kết quả điện di khảo sát giới hạn phát hiện của phản ứng theo nồng độ RNA giảm dần
Các giếng chứa RNA tách chiết từ hai nguồn RNA từ virus cúm A và hMPV theo nồng độ mẫu giảm dần; (-) đối chứng;
(M) thang chuẩn 100 bp
M 1 2 3 4 5 6 7 8
537
bp
400
bp
232
bp
537 bp
232 bp
1 2 3 4 5 6 7 8 9 (-) M
500 bp
200 bp
11
10-1 10-2 10
-3 10-4 10-5 10
-6 10-7 10
-8 10-9
( - )
537 500
232 200
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 256
Pha loãng bậc 10 liên tiếp thành nhiều nồng
độ khác nhau. Nồng độ đối chứng dương ban
đầu là 10
-1 pha loãng 10 lần cho đến nồng độ
cuối cùng là 10
-10
(Hình 6).
Kết quả khảo sát trên các mẫu phết họng - mũi
Kiểm tra trên 14 mẫu dịch phết họng-mũi,
thu được kết quả: 3 mẫu dương tính với virus
cúm A (chiếm 21,4%), 1 mẫu dương tính với
hMPV (chiếm 7,14%) và chưa phát hiện mẫu
đồng nhiễm (Hình 7).
Kết quả phản ứng qRT - PCR trên mẫu phết
họng-mũ
Để khẳng định kết quả của phản ứng
multiplex RT - PCR trên 14 mẫu phết họng-
mũi, tiến hành thực hiện phản ứng qRT - PCR.
Kết quả trình bày ở Hình 8 và Bảng 6 cho virus
cúm A.
Kết quả phản ứng chẩn đoán phát hiện virus
cúm A và hMPV trên 14 mẫu phết họng-mũi này
là chính xác và quy trình multiplex RT-PCR phát
hiện đồng thời virus cúm A và hMPV đã được
thiết kế và tối ưu thành công các điều kiện của
phản ứng multiplex RT-PCR và các kết quả xét
nghiệm là tin cậy.
Hình 7. Kết quả điện di khảo sát các mẫu phết họng-mũi
(-) đối chứng âm; (1)-(14) mẫu phết họng-mũi; (15) đối chứng dương; (M) thang chuẩn 100 bp
Bảng 6. So sánh kết quả phản ứng multiplex RT - PCR và qRT - PCR
Mẫu Virus cúm A hMPV
Mutiplex RT – PCR (Ct) qRT - PCR Mutiplex RT – PCR (Ct) qRT - PCR
Đối chứng âm - - - -
Đối chứng dương 30,82 + 29,00 +
1 - - - -
2 - - - -
3 - - - -
4 - - - -
5 - - - -
6 29,67 + - -
7 - - - -
8 - - - -
9 - - - -
10 36,84 + - -
11 - - 31,45 +
12 - - - -
13 - - - -
14 33,57 + - -
(-): âm tính; (+): dương tính
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M
537 bp
500 bp
232 bp
200 bp
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 257
Hình 8. Đường khuếch đại tín hiệu huỳnh quang chẩn đoán virus cúm A và hMPV
BÀN LUẬN
Đánh giá khả năng hoạt động của hệ primer
bằng phần mềm sinh tin học
Cả hai cặp primer trên đều đạt yêu cầu về
chiều dài. Nhiệt độ biến tính của hai cặp primer
chênh lệch trong giới hạn cho phép, đảm bảo
cho sự nhân bản của primer thành công trong
cùng một điều kiện nhiệt độ. Thành phần % GC,
đều nằm trong khoảng giới hạn cho phép. Sự
hình thành cấu trúc thứ cấp, ∆G của các cấu trúc
thứ cấp ở mức cho phép. Vì vậy, trên phương
diện lý thuyết, hai cặp primer được sử dụng để
phát hiện hai loài virus trên có thể nhân bản
đúng trình tự đích và có độ đặc hiệu cao, tuy có
tạo thành cấu trúc thứ cấp nhưng giá trị ∆G của
các cấu trúc thứ cấp giữa các primer dao động
không đáng kể. Do đó, hai cặp primer trên có thể
trộn chung trong một phản ứng multiplex RT –
PCR (Bảng 4).
Đánh giá về mặt thực nghiệm
Kết quả điện di khảo sát hoạt động các
primer tạo sản phẩm RT-PCR: 232 bp ứng với
virus cúm A và 537 bp ứng với hMPV, các vạch
sản phẩm đều là duy nhất, không xuất hiện vạch
sản phẩm phụ và tạo sản phẩm có kích thước
tương tự khi trộn lẫn RNA tách chiết từ 2 nguồn
virus (Hình 1, 3).
Cả hai cặp primer đều có biên độ nhiệt
hoạt động khá rộng. Tuy nhiên, ở nhiệt độ
55
o
C cho vạch sản phẩm có cường độ sáng và
rõ nhất; ở các nhiệt độ cao hơn, kết quả không
có sự thay đổi. nhiệt độ bắt cặp tối ưu của hai
cặp primer là 55
o
C.
Chọn được nồng độ primer virus cúm A và
hMPV, lần lượt là 0,48 µM - 0,56 µM cho vạch
sản phẩm đậm, rõ nét và không tạo sản phẩm
phụ (Hình 4).
Cặp primer trong nghiên cứu này có độ đặc
hiệu cao: không cho vạch sản phẩm chứng tỏ hệ
primer bắt cặp đặc hiệu, không cho kết quả
dương tính với các loại virus khác (Hình 5).
Pha loãng nồng độ RNA để xác định độ
nhạy: Phản ứng multiplex RT – PCR cho vạch
sản phẩm khi nồng độ RNA mẫu là 10-7. Đo
hàm lượng mẫu RNA ở nồng độ 10-1 đạt 2
ng/µl. Như vậy ngưỡng phát hiện của phản ứng
multiplex RT - PCR nàylà 0,002 pg/µl (Hình 6).
KẾT LUẬN
Các thông số và đặc tính vật lý của hệ primer
Chứng dương
virus cúm A
Chứng dương
hMPV
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 258
thỏa mãn các yêu cầu trên phương diện bằng
phần mềm sinh tin học và hoạt động tốt khi
khảo sát trên mẫu đối chứng dương.
Xây dựng được quy trình multiplex RT-
PCR phát hiện đồng thời hai loại virus hiện
đang lưu hành, ngưỡng phát hiện của phản
ứng là 0,002 pg/µl.
Trên 14 dịch phết họng mũi lâm sàng, đã
phát hiện 3/14 mẫu dương tính với virus cúm A
(chiếm 21,4%), 1/14 mẫu dương tính với hMPV
(chiếm 7,14%) và chưa phát hiện mẫu đồng
nhiễm với hai loại virus nói trên. Các mẫu
dương tính ở phản ứng này được kiểm tra bằng
kỹ thuật qRT - PCR và cho thấy 100% kết quả là
phù hợp.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Bellau-Pujol S, Vabret A, Legrand L, et al (2005). Development
of three multiplex RT-PCR assays for the detection of 12
respiratory RNA viruses. J Virol Methods, 126(1-2):53-63.
2. Bouvier NM and Palese P (2008). The Biology of Influenza
Viruses. Vaccine, 26(4):D49 - D53.
3. Đặng Đức Anh, Phan Thị Ngà và Vũ Thị Quế Hương (2010).
Virus y học. Nhà xuất bản Y Học Hà Nội, pp.28 - 45.
4. Lê Duy Thành (2009). Cơ sở sinh học phân tử. Nhà xuất bản Giáo
dục TP. Hồ Chí Minh, pp.134 - 153.
5. QIAGEN (2010). QIAamp Viral RNA Mini Handbook,
3
rd
edition. URL: HB-0354-
004_1112868_HB_QA_Viral_RNA_Mini_0318_WW.PDF.
6. QIAGEN (2010). QIAGEN Onestep RT-PCR Kit Handbook.
URL: HB-0660-002%201101184_LL_RT-
PCR_OneStep_RTPCR_0316_WW_WEB.pdf.
7. WHO (2017). Influenza. URL: https://www.who.int/influenza/.
Ngày nhận bài báo: 30/07/2019
Ngày phản biện nhận xét bài báo: 30/08/2019
Ngày bài báo được đăng: 10/10/2019
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- phat_hien_dong_thoi_virus_cum_a_va_human_metapneumovirus_hmp.pdf