Tài liệu Định típ phức hợp kháng nguyên bạch cầu người (HLA: Human Leukocyte Antigen) Locus B bằng phương pháp giải trình tự gen kết hợp với tạo dòng: Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019 Nghiên cứu Y học
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 219
ĐỊNH TÍP PHỨC HỢP KHÁNG NGUYÊN BẠCH CẦU NGƯỜI (HLA:
HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN) LOCUS B
BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN KẾT HỢP VỚI TẠO DÒNG
Mai Phương Thảo*, Lê Gia Hoàng Linh**, Nguyễn Thế Vinh**, Hoàng Anh Vũ**, Đỗ Đức Minh**
TÓM TẮT
Mục tiêu: Phức hợp kháng nguyên bạch cầu người (HLA: human leukocyte antigen) là phức hợp các
protein màng tế bào đóng vai trò quan trọng trong điều hòa miễn dịch. Định típ HLA rất cần thiết cho việc ghép
tạng cũng như ghép tế bào gốc. Giải trình tự Sanger là một công cụ giúp định típ HLA chính xác, độ phân giải
cao và đang được thực hiện trên toàn thế giới.
Đối tượng và phương pháp: Có 20 đối tượng tình nguyện tham gia nghiên cứu được định típ HLA locus
B bằng phương pháp giải trình tự Sanger kết hợp với tạo dòng.
Kết quả: Chúng tôi phát hiện 3 trường hợp mang alen HLA-B đồng hợp tử và 17 trường hợp dị hợp tử. Các ...
7 trang |
Chia sẻ: Đình Chiến | Ngày: 29/06/2023 | Lượt xem: 403 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Định típ phức hợp kháng nguyên bạch cầu người (HLA: Human Leukocyte Antigen) Locus B bằng phương pháp giải trình tự gen kết hợp với tạo dòng, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019 Nghiên cứu Y học
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 219
ĐỊNH TÍP PHỨC HỢP KHÁNG NGUYÊN BẠCH CẦU NGƯỜI (HLA:
HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN) LOCUS B
BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN KẾT HỢP VỚI TẠO DÒNG
Mai Phương Thảo*, Lê Gia Hoàng Linh**, Nguyễn Thế Vinh**, Hoàng Anh Vũ**, Đỗ Đức Minh**
TÓM TẮT
Mục tiêu: Phức hợp kháng nguyên bạch cầu người (HLA: human leukocyte antigen) là phức hợp các
protein màng tế bào đóng vai trò quan trọng trong điều hòa miễn dịch. Định típ HLA rất cần thiết cho việc ghép
tạng cũng như ghép tế bào gốc. Giải trình tự Sanger là một công cụ giúp định típ HLA chính xác, độ phân giải
cao và đang được thực hiện trên toàn thế giới.
Đối tượng và phương pháp: Có 20 đối tượng tình nguyện tham gia nghiên cứu được định típ HLA locus
B bằng phương pháp giải trình tự Sanger kết hợp với tạo dòng.
Kết quả: Chúng tôi phát hiện 3 trường hợp mang alen HLA-B đồng hợp tử và 17 trường hợp dị hợp tử. Các
alen HLA-B được xác định bao gồm 07:02, 07:05, 13:01, 15:01, 15:02, 15:12, 15:25, 15:27, 15:35, 18:02, 27:06,
35:05, 38:02, 40:01, 44:03, 46:01, 55:02, 56:01, 57:01, 58:01.
Kết luận: Kỹ thuật giải trình tự Sanger là một kỹ thuật định típ HLA chính xác và tiết kiệm chi phí.
Từ khóa: phức hợp kháng nguyên bạch cầu người (HLA), giải trình tự thế hệ mới, phản ứng PCR, giải
trình tự Sanger, tạo dòng
ABSTRACT
HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN LOCUS B (HLA-B) TYPING
BY SANGER SEQUENCING AND CLONING
Mai Phuong Thao, Le Gia Hoang Linh, Nguyen The Vinh, Hoang Anh Vu, Do Duc Minh
* Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 – No. 4 - 2019: 219 – 225
Objectives: Human leukocyte antigen, a cell-surface protein complex, is responsible for the regulation of the
immune system. HLA typing is neccesary step in stem cell and organ transplantation. Sanger sequencing is an
accurate tool that can provide high resolution typing and has been applied worldwide.
Methods: HLA-B 20 objects participated in the study were sequenced and cloned if nessesary.
Results: HLA-B was found homozygous in 3 cases and heterozygous in 17 cases. Identified alleles were
07:02, 07:05, 13:01, 15:01, 15:02, 15:12, 15:25, 15:27, 15:35, 18:02, 27:06, 35:05, 38:02, 40:01, 44:03, 46:01,
55:02, 56:01, 57:01, 58:01.
Conclusion: HLA typing by Sanger sequencing and cloning is accurate and cost-saving.
Keywords: human leukocyte antigen (HLA), next generation sequencing (NGS), polymerase chain reaction
(PCR), sanger sequencing, cloning
ĐẶT VẤN ĐỀ
Hệ thống phức hợp kháng nguyên bạch
cầu người (HLA: Human leukocyte antigen) là
hệ thống các protein trên bề mặt hầu hết các tế
bào trong cơ thể, được mã hóa từ locus các gen
nằm trên nhánh ngắn nhiễm sắc thể số 6,
chúng đóng vai trò quan trọng trong đáp ứng
*Bộ môn Sinh lý-Sinh lý bệnh-Miễn dịch – Khoa Y – ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh
**Trung tâm Y sinh học phân tử - ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh
Tác giả liên lạc: TS.BS. Đỗ Đức Minh ĐT: 0932999989 Email: ducminh@ump.edu.vn
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 220
miễn dịch, giúp hệ thống miễn dịch trong cơ
thể phân biệt được các tế bào trong cơ thể và
các tế bào ngoại lai để từ đó có thể tấn công các
tế bào lạ xâm nhập(4).
Các gen mã hóa cho hệ thống HLA được
chia thành 3 lớp chính, trong đó chủ yếu là lớp I
(HLA-A, HLA-B và HLA-C) và lớp II (HLA-
DRB1 và HLA-DQB1) tham gia vào quá trình
tương tác giữa mảnh ghép và kí chủ. Trên mỗi
phân tử HLA đều có vùng nhận diện, cấu trúc
protein của vùng nhận diện này thường khác
biệt giữa các cá thể và đây là cơ sở để định típ
HLA. Vùng nhận diện này được mã hóa từ exon
2, 3 của các gen HLA lớp I và exon 2 của gen
HLA lớp 2.
Kỹ thuật định típ HLA hiện tại ở Việt Nam
vẫn dùng hai phương pháp khuếch đại DNA
bằng chuỗi mồi đặc hiệu (SSP-PCR: sequence-
specific primer polymerase chain reaction và
SSO-PCR: sequence-specific oligonucleotide
polymerase chain reaction). Hai kỹ thuật này có
nguyên lý tương tự nhau và đã được phát minh
vào khoảng 20 năm trước. Trong phản ứng SSP-
PCR, các bộ mồi (primer) được thiết kế sẵn để
nhận diện các vùng đa hình ở các locus HLA, các
típ HLA sau đó sẽ được xác định bằng cách điện
di sản phẩm PCR trên thạch agarose, phương
pháp này chỉ cho độ phân giải của HLA ở mức 2
chữ số. Phương pháp SSO-PCR hiện đại hơn, có
độ phân giải cao hơn đạt mức 4 chữ số, cũng
dựa trên nền tảng thực hiện phản ứng PCR bằng
bộ mồi được thiết kế sẵn, nhưng sau đó sản
phẩm PCR sẽ không được phân tích trên thạch
agarose mà sẽ được chuyển lên một màng lai, tại
đó một bộ các phân tử đầu dò oligonucleotide có
gắn chất chỉ thị sẽ được lai với sản phẩm PCR và
sau đó típ HLA sẽ được xác định dựa vào các
chất chỉ thị gắn trên các đầu dò. Các kỹ thuật
định típ HLA này còn nhiều nhược điểm:
Độ phân giải thấp (2-4 chữ số).
Tốn thời gian (một lần phản ứng SSO-PCR
chỉ xác định được 1 locus HLA).
Không phát hiện hoặc dễ nhầm lẫn trong các
trường hợp bệnh nhân mang các alen HLA
hiếm, mới.
Ngày càng có nhiều các alen HLA mới được
phát hiện, do đó các bộ kit này cần được cập
nhật liên tục.
Trong khi đó, trên thế giới, việc định típ
HLA dựa chủ yếu vào phương pháp xác định
trình tự nucleotid bằng phương pháp Sanger
hoặc giải trình tự thế hệ mới (SBT: sequence-
based typing) với độ phân giải có thể chấp nhận
trên lâm sàng là 4 chữ số, đây được xem là
phương pháp chính xác và đáng tin cậy nhất
hiện nay và là tiêu chuẩn vàng trong việc xác
định HLA ở các trung tâm cấy ghép lớn(6).
Do đó, thông qua nghiên cứu này, chúng tôi
muốn tiến hành nghiên cứu áp dụng quy trình
xác định phức hợp HLA, mà đầu tiên là locus
HLA-B, bằng phương pháp giải trình tự với độ
phân giải 4 chữ số nhằm khắc phục các nhược
điểm của phương pháp PCR truyền thống.
ĐỐI TƯỢNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Đối tượng nghiên cứu
Chúng tôi tiến hành định típ HLA locus B
cho 20 người có nguồn gốc Kinh tình nguyện
tham gia nghiên cứu.
Phương pháp nghiên cứu
Thiết kế nghiên cứu
Cắt ngang mô tả hàng loạt ca.
Tách chiết DNA bộ gene
Tiến hành lấy 2 ml máu tĩnh mạch, cho vào
ống chống đông có EDTA, lắc đều nhẹ nhàng.
Genomic DNA của các tế bào bạch cầu trong
máu toàn phần được tách chiết trong vòng 24
giờ bằng bộ kit GeneJetTM whole blood genomic
DNA purification (Thermo Scientific, Mỹ) theo
hướng dẫn sử dụng của nhà sản xuất.
Phản ứng PCR khuếch đại và giải trình tự gen
mục tiêu
Cặp mồi được thiết kế và tổng hợp (IDT,
Mỹ) dựa trên trình tự DNA của gen HLA-B
mang mã số NG_023187 trong kho dữ liệu của
NCBI và tham khảo từ tác giả Lazaro(3) (Bảng 1).
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019 Nghiên cứu Y học
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 221
Bảng 1. Cặp mồi được sử dụng để khuếch đại trình
tự exon 2, 3 và vùng lân cận của gen HLA-B
Tên mồi Trình tự chuỗi (5’-3’)
Đoạn gen
khuếch đại
Tm
(
0
C)
5UT-F GACTCAGAATCTCCTCAG
ACGCCGA
Exon 2, 3 và
vùng lân cận
(1073 bp)
61,5
Bin3M13-
R
GGCCATCCCCGGCGACC
TAT
64,5
Thiết lập điều kiện cho các PCR khuếch đại tương
ứng với bộ mồi
Mỗi tube PCR có thể tích 15µl chứa các
thành phần: 1,5µl PCR buffer 10X; 1,5µl dNTP
2,5mM, 0,75µl cho mỗi mồi xuôi và ngược
(10nM/µl), 0,1µl TaKaRa TaqTM HotStart
Polymerase (Takara, Nhật Bản), 2µl genomic
DNA (20-50ng/µl) và 8,4µl nước cất 2 lần khử
ion. Các phản ứng luôn kèm theo một chứng âm
không chứa DNA để kiểm soát ngoại nhiễm.
Chu trình luân nhiệt cho PCR được thực hiện
trên máy Mastercycler@Pro S (Eppendorf, Đức).
Chu kỳ nhiệt: khởi đầu tại 980C trong 3 phút,
tiếp theo với 40 chu kỳ lặp lại các bước 980C: 20
giây, 620C: 20 giây, 720C: 1 phút; kế tiếp với bước
720C: 2 phút. Trữ sản phẩm PCR tại 40C. Kiểm
tra sản phẩm PCR bằng điện di trên gel agarose
2% và nhuộm bằng Diamond™ Nucleic Acid
Dye (Promega-Mỹ).
Kỹ thuật giải trình tự
Bảng 2. Cặp mồi được sử dụng để giải trình tự trình
tự exon 2, 3 và vùng lân cận của gen HLA-B
Tên mồi Trình tự chuỗi (5’-3’) Vị trí đọc
Seq-BIn2-
R
GGA TCT CGG ACC CGG AG
Chiều ngược,
exon 2
Bin3M13-R
GGCCATCCCCGGCGACCTAT
Chiều ngược,
exon 3
Sản phẩm PCR sau đó được tinh sạch bằng
Exosap-IT glycerol solution (Affymetrix-Mỹ)
theo hướng dẫn sử dụng của nhà sản xuất và
được thực hiện phản ứng cycle sequencing với
BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit
(Applied Biosystems, Mỹ) cặp mồi theo Bảng 2.
Sản phẩm sau đó được kết tủa bằng ethanol,
hòa tan trong Hi-Di formanide, biến tính ở
95C trước khi làm lạnh đột ngột. Trình tự
DNA được đọc bằng máy ABI 3130 Genetic
Analyzer, với POP-7 polymer và capillary 50
cm (Applied Biosystems, Mỹ). Kết quả giải
trình tự DNA được phân tích bằng phần mềm
CLC Main Workbench.
Thực hiện chuyển gen
Các mẫu sau khi giải trình tự được so với
trình tự chuẩn từ kho dữ liệu của NCBI Blast
server, hla.org và IMGT Blast của EBI để xác
định alen HLA-B của các đối tượng tham gia
nghiên cứu. Với các mẫu có các alen HLA-B dị
hợp tử khó xác định, chúng tôi sử dụng phương
pháp tạo dòng chuyển một alen vào vector
plasmid. Sản phẩm PCR được nhân dòng trực
tiếp vào vector pGEM-T dạng mạch thẳng có
đầu dính T (theo bộ kit pGEM®-T Easy Vector
Systems-Promega, Mỹ). Sản phẩm nhân dòng
được nhiệt biến nạp vào tế bào khả biến E. coli
DH5 , plasmid mang gen lacZ giúp chọn lọc
những khuẩn lạc có gen chèn dựa trên sự chọn
lọc màu sắc trắng/xanh của khuẩn lạc trên môi
trường nuôi cấy chứa X-gal, IPTG và Ampicillin.
Plasmid tái tổ hợp được tách ra từ các khuẩn lạc
trắng bằng kit PureYieldTM Plasmid Miniprep
System (Promega, Mỹ) và kiểm tra sự có mặt của
gen HLA-B bằng PCR với các cặp mồi 5UT-F và
Bin3M13-R với cùng thể tích và chu trình luân
nhiệt như ở bước đầu tiên. Sản phẩm PCR từ
plasmid sẽ được giải trình tự cũng bằng cặp mồi
từ Bảng 2 và đọc kết quả bằng phần mềm CLC
Main Workbench. Kết quả giải trình tự lần 2 sẽ
có kết quả đồng hợp tử, dựa vào kết quả của 2
lần giải trình tự sẽ giúp xác định 2 alen dị hợp tử
trên gen HLA-B.
Thực hiện so sánh kết quả sử dụng phần mềm
BLAST của EBI
Phần mềm HLA BLAST của EBI là một phần
mềm online miễn phí có thể truy cập vào ở địa
chỉ https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/blast.html.
Sau khi truy cập và lựa chọn chế độ so sánh
cần thiết, toàn bộ trình tự DNA của exon 2 và 3
của các mẫu sẽ được nhập vào hệ thống.
Ngưỡng xác định (% identities) và mức độ
dương tính (% positive) của mẫu phải đạt 100%
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 222
mới được chấp nhận và phân típ HLA-B.
Nếu vẫn chưa phân định được alen kết quả,
kết quả cuối cùng sẽ được chọn dựa theo các
alen HLA phổ biến và mô tả rõ (CWD: common
and well-documented) của Hiệp hội Phù hợp
mô và Di truyền miễn dịch Hoa Kỳ (ASHI:
American Society for Histocompatibility and
Immunogenetics) phiên bản 2.0.0.
KẾT QUẢ
Phản ứng PCR khuếch đại exon 2,3 và vùng
lân cận của gen HLA-B cho sản phẩn có hình
ảnh kích thước đúng với thiết kế ban đầu khi
điện di trên gel agarose 1% (Hình 1).
Kết quả giải trình tự 20 mẫu cho thấy có 4
mẫu đồng hợp tử sẽ được phân tích tiếp tục trên
hệ thống BLAST của EBI (Hình 2), còn lại 16 mẫu
dị hợp tử sẽ được tiến hành tạo dòng (Hình 3).
Hình 1. Kết quả PCR khuếch đại exon 2,3 và vùng lân cận của gen HLA-B
Hình 2. Kết quả HLA-B đồng hợp tử
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019 Nghiên cứu Y học
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 223
Hình 3. Kết quả HLA-B dị hợp tử
Sau khi chuyển 1 alen HLA-B vào vector
DNA và tiến hành nhiệt biến nạp vào tế bào khả
biến E. coli DH5 , các tế bào khả biến sẽ được ủ
nuối cấy trên môi trường thạch LB qua đêm ở
nhiệt độ 370C. Các tế bào sẽ tạo khúm trên thạch
LB như trên Hình 4. Chỉ có các khúm tế bào màu
trắng được chọn để tiếp tục tiến hành ly trích
DNA sau đó.
Hình 4. Các khúm vi khuẩn xanh và trắng mọc trên
thạch LB
DNA ly trích từ khúm vi khuẩn màu trắng
được dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng
PCR lần 2 khuếch đại đoạn gen HLA-B chèn
vào vector plasmid với cặp mồi trong Bảng 1
cho kết quả phù hợp với dự đoán, băng DNA
được khuếch đại có kích thước khoảng 1000bp
(Hình 5).
Hình 5. Sản phẩm PCR lần 2
Kết qủa giải trình tự lần 2 của các mẫu được
tạo dòng đều cho sóng đơn dưới dạng đồng hợp
tử (Hình 6).
Phối hợp hai lần giải trình tự sẽ giúp xác
định được 2 alen HLA-B di hợp tử. Kết quả các
alen HLA-B trên 20 mẫu tham gia nghiên cứu
được tóm tắt trong Bảng 3 với 4 mẫu cho kết quả
đồng hợp tử và 16 mẫu cho kết quả dị hợp tử.
Trong đó, các alen phổ biến nhất là 15:02, 46:01,
38:02 và 40:01 với tần suất lần lượt 20%, 10%,
7,5% và 7,5%.
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 224
Hình 6. Các kết quả trình tự trước và sau khi tạo dòng
Bảng 3. Kết quả định típ HLA-B của 20 đối tượng
tham gia nghiên cứu
TT Trạng thái Alen 1 Alen 2 %ID %Positive
1 Dị hợp tử 13:01 58:01 100 100
2 Đồng hợp tử 40:01 X 100 100
3 Đồng hợp tử 15:02 X 100 100
4 Dị hợp tử 40:01 46:01 100 100
5 Dị hợp tử 15:27 58:01 100 100
6 Dị hợp tử 46:01 56:01 100 100
7 Dị hợp tử 15:02 15:25 100 100
8 Dị hợp tử 07:05 57:01 100 100
9 Dị hợp tử 15:25 15:35 100 100
10 Dị hợp tử 15:25 38:02 100 100
11 Dị hợp tử 18:02 38:02 100 100
12 Dị hợp tử 15:02 44:03 100 100
13 Dị hợp tử 15:01 15:25 100 100
14 Dị hợp tử 15:02 35:05 100 100
15 Đồng hợp tử 46:01 X 100 100
16 Dị hợp tử 27:06 55:02 100 100
17 Dị hợp tử 15:12 44:03 100 100
18 Đồng hợp tử 15:02 X 100 100
19 Dị hợp tử 15:02 27:06 100 100
20 Dị hợp tử 07:02 38:02 100 100
BÀN LUẬN
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã xây
dựng hoàn chỉnh phương pháp định típ HLA-B
bằng phương pháp giải trình tự kết hợp với tạo
dòng. Các alen HLA-B được xác định trong
nghiên cứu này bao gồm 07:02, 07:05, 13:01,
15:01, 15:02, 15:25, 15:27, 18:02, 27:06, 35:05, 38:02,
40:01, 44:03, 46:01, 55:02, 56:01, 57:01, 58:01 đều là
các alen đã được báo cáo trong dân số người
Kinh Việt Nam trước đây(1). Một số alen lần đầu
mô tả là 15:12 và 15:35. Kết quả nghiên cứu này
cũng cho thấy số trường hợp mang alen HLA-B
đồng hợp tử khá hiếm phù hợp với tính đa hình
rất cao của locus HLA-B trong nhiều chủng tộc
như người Kinh Việt Nam, người Hán Trung
Quốc, Nhật Bản và Thái Lan(1,2,5,7) với số liệu
được so sánh trong Bảng 4. Các alen phổ biến ở
người Việt Nam cũng thể hiện phần nào trong
nghiên cứu này là 15:02, 46:01 và 40:01, điều này
góp phần cho thấy tính tương đồng giữa người
Kinh Việt Nam, người Hán Trung Quốc và
người Thái khi 2 trong 3 alen phổ biến nhất của
HLA-B ở cả 3 dân số đều là 46:01 và 40:01(1,5,7).
Ngoài ra, nghiên cứu của chúng tôi cũng sử
dụng phương pháp giải trình tự Sanger cho kết
quả chính xác hơn ở độ phân giải 4 chữ số so với
các phương pháp SSO-PCR truyền thống.
Bảng 4. So sánh kết quả tần suất lưu hành phổ biến của các alen HLA-B giữa các nghiên cứu
Dân số Việt Nam Trung Quốc Thái Lan Nhật Bản
Tác giả Chúng tôi Hoa và cs
(1)
Shen và cs
(7)
Nakkam và cs
(5)
Ikeda và cs
(2)
Năm tiến hành 2018 2008 2014 2017 2014
Các alen lưu hành phổ biến
Thứ tự từ tần suất lưu hành cao nhất đến thấp
Tô đậm là các alen phổ biến chung trong dân số châu Á
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 4 * 2019 Nghiên cứu Y học
Hội Nghị Khoa Học Nhi Khoa BV. Nhi Đồng 1 225
Dân số Việt Nam Trung Quốc Thái Lan Nhật Bản
Tác giả Chúng tôi Hoa và cs
(1)
Shen và cs
(7)
Nakkam và cs
(5)
Ikeda và cs
(2)
HLA-B (%)
15:02 (20)
46:01 (10)
40:01 (7.5)
15:02 (13.5)
46:01 (11.5)
38:02 (6.5)
46:01 (14.4)
40:01 (11.7)
13:01 (8.4)
46:01 (16.8)
13:01 (9.1)
40:01 (6.9)
51:01 (8.9)
35:01 (8.2)
40:02 (7.9)
Phương pháp Sanger sequencing SSO-PCR SSO-PCR SSO-PCR SSO-PCR
KẾT LUẬN
Định típ HLA bằng kỹ thuật giải trình tự
Sanger có ưu điểm là có khả năng xác định các
alen cơ bản, phổ biến, đã được mô tả rõ ở độ
phân giải 4 chữ số, giá thành rẻ. Tuy nhiên, nó
vẫn có điểm giới hạn là khó xác định cụ thể típ
HLA độ phân giải cao hơn nếu chỉ dựa vào trình
tự exon 2 và 3 mà còn cần phải có trình tự các
exon và intron còn lại để có thể định típ HLA
chính xác trước xu hướng ngày càng có nhiều
alen mới được mô tả và đưa vào dữ liệu của
IMGT. Việc tiếp tục xác định trình tự các exon và
intron còn lại bằng phương pháp giải trình tự
Sanger cần nhiều thời gian và công sức, vì vậy
cần phải có một phương pháp có khả năng giải
trình tự hàng loạt, đồng thời các exon và intron
này và phương pháp giải trình tự thế hệ mới
được xem như là một ứng cử viên phù hợp cho
việc định típ HLA trong tương lai.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Hoa BK, Hang NTL, Kashiwase K, et al (2008) HLA-A, -B, -C, -
DRB1 and -DQB1 alleles and haplotypes in the Kinh population
in Vietnam. Tissue Antigens, 71(2):127–134.
2. Ikeda N, Kojima H, Nishikawa M, et al (2015) Determination of
HLA-A, -C, -B, -DRB1 allele and haplotype frequency in
Japanese population based on family study. Tissue Antigens,
85(4):252–259.
3. Lazaro A, Tu B, Yang R, Xiao Y, Kariyawasam K, Ng J, Hurley
CK (2013) Human leukocyte antigen (HLA) typing by DNA
sequencing. Methods Mol Biol Clifton NJ, 1034:161–195.
4. Mosaad YM (2015) Clinical Role of Human Leukocyte Antigen
in Health and Disease. Scand J Immunol, 82(4):283–306.
5. Nakkam N, Konyoung P, Kanjanawart S, Saksit N, Kongpan T,
Khaeso K, Khunarkornsiri U, Dornsena A, Tassaneeyakul W,
Tassaneeyakul W (2018) HLA Pharmacogenetic Markers of
Drug Hypersensitivity in a Thai Population. Front Genet, doi:
10.3389/fgene.2018.00277.
6. Sanchez-Mazas A, Vidan-Jeras B, Nunes JM, et al (2012)
Strategies to work with HLA data in human populations for
histocompatibility, clinical transplantation, epidemiology and
population genetics: HLA-NET methodological
recommendations. Int J Immunogenet, 39(6):459–476.
7. Shen Y, Cao D, Li Y, et al (2014) Distribution of HLA-A, -B, and -
C Alleles and HLA/KIR Combinations in Han Population in
China. J Immunol Res, doi: 10.1155/2014/565296.
Ngày nhận bài báo: 20/05/2019
Ngày phản biện nhận xét bài báo: 30/07/2019
Ngày bài báo được đăng: 05/09/2019
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- dinh_tip_phuc_hop_khang_nguyen_bach_cau_nguoi_hla_human_leuk.pdf