Đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng vi khuẩn acinetobacter baumanii được phân lập tại Bệnh viện Trung Ương Huế và Bệnh viện Đại học Y dược Huế

Tài liệu Đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng vi khuẩn acinetobacter baumanii được phân lập tại Bệnh viện Trung Ương Huế và Bệnh viện Đại học Y dược Huế: 190 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY - Địa chỉ liên hệ: Lê Thị Ánh Ngọc, email: thiensu21989@gmail.com - Ngày nhận bài: 5/10/2017; Ngày đồng ý đăng: 9/11/2017; Ngày xuất bản: 16/11/2017 ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CủA CHủNG VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANII ĐƯỢC PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN TRUNG ƯƠNG HUẾ VÀ BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC HUẾ Lê Thị Ánh Ngọc1, Lê Nữ Xuân Thanh1, Nguyễn Thị Nam Liên3, Ngô Viết Quỳnh Trâm1, Antonella Santon2, Pietro Cappuccinelli2 (1) Trường Đại học Y Dược - Đại học Huế (2) Trường Đại học Sassari, Ý; (3) Bệnh viện Trung ương Huế Tóm tắt Đặt vấn đề: Acinetobacter baumannii đề kháng carbapenem là tác nhân phổ biến nhất gây nhiễm trùng bệnh viện, được ghi nhận như là một tác nhân đề kháng điều trị và khó kiểm soát. A. baumannii là thành viên quan trọng nhất của nhóm vi khuẩn A. calcoaceticus- A. baumannii (nhóm ACB), nhóm này có đặc điểm di truyền rất gần nhau và không...

pdf7 trang | Chia sẻ: Đình Chiến | Ngày: 11/07/2023 | Lượt xem: 296 | Lượt tải: 0download
Bạn đang xem nội dung tài liệu Đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng vi khuẩn acinetobacter baumanii được phân lập tại Bệnh viện Trung Ương Huế và Bệnh viện Đại học Y dược Huế, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
190 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY - Địa chỉ liên hệ: Lê Thị Ánh Ngọc, email: thiensu21989@gmail.com - Ngày nhận bài: 5/10/2017; Ngày đồng ý đăng: 9/11/2017; Ngày xuất bản: 16/11/2017 ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CủA CHủNG VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANII ĐƯỢC PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN TRUNG ƯƠNG HUẾ VÀ BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC HUẾ Lê Thị Ánh Ngọc1, Lê Nữ Xuân Thanh1, Nguyễn Thị Nam Liên3, Ngô Viết Quỳnh Trâm1, Antonella Santon2, Pietro Cappuccinelli2 (1) Trường Đại học Y Dược - Đại học Huế (2) Trường Đại học Sassari, Ý; (3) Bệnh viện Trung ương Huế Tóm tắt Đặt vấn đề: Acinetobacter baumannii đề kháng carbapenem là tác nhân phổ biến nhất gây nhiễm trùng bệnh viện, được ghi nhận như là một tác nhân đề kháng điều trị và khó kiểm soát. A. baumannii là thành viên quan trọng nhất của nhóm vi khuẩn A. calcoaceticus- A. baumannii (nhóm ACB), nhóm này có đặc điểm di truyền rất gần nhau và không thể phân biệt được bằng các phương pháp định danh dựa vào tính chất sinh hóa. Mục tiêu: Định danh loài Acinetobacter sp. từ các chủng thuộc nhóm ACB đã được phân lập và kiểu gen của A. baumannii. Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang. Đối tượng nghiên cứu là 90 chủng vi khuẩn thuộc nhóm ACB được phân lập tại Bệnh viện Đại học Y Dược Huế và Bệnh viện Trung ương Huế. Thực hiện kỹ thuật PCR đa mồi trên đoạn gen gyrB và giải trình tự đoạn gen rpoB để định danh loài. Xác định mức độ kháng kháng sinh bằng phương pháp Kirby- Bauer. Thực hiện kĩ thuật Multi Locus Sequence Type (MLST) cho 24 chủng A. baumannii để xác định kiểu gen. Kết quả: Các loài Acinetobacter sp. được định danh là: A.baumannii (85,6%), A. nosocomialis (11,11%) và A. pittii (3,33%). Tất cả vi khuẩn nhóm ACB nhạy cảm với colistin và đề kháng với cefotaxim, amikacin. Hơn 90% các chủng A.baumannii đề kháng với nhóm carbapenem. Mười một kiểu gen của các chủng A.baumannii được xác định; trong số đó có hai kiểu gen mới (ST1463 và ST1464) và 7 kiểu gen thuộc phức hợp dòng vô tính 92 (Clonal Complex 92-CC92), đây là dòng được phân bố rộng rãi nhất trên thế giới; cả hai bệnh viện đang lưu hành các chủng có kiểu gen tương tự nhau (ST795, ST797 và ST1463). Kết luận: Phối hợp kỹ thuật PCR đa mồi trên gen gyrB và giải trình tự gen rpoB cho phép xác định được các loài Acinetobacter sp. Kỹ thuật MLST xác định được 11 kiểu gen từ 24 chủng A.baumannii ở hai bệnh viện ở Huế. Từ khóa: nhóm ACB, Acinetobacter baumannii; MLST. Abstract MOLECULAR CHARACTERIZATION OF ACINETOBACTER BAUMANNII ISOLATES IN HUE CENTRAL HOSPITAL AND HUE UNIVERSITY HOSPITAL Le Thi Anh Ngoc1, Le Nu Xuan Thanh1, Nguyen Thi Nam Lien3, Ngo Viet Quynh Tram1, Antonella Santon2, Pietro Cappuccinelli2 (1) Hue University of Medicine and Pharmacy - Hue University (2) Unversity of Sassari, italia; (3) Hue Central Hospital Introduction: Acinetobacter baumannii resistant to carbapenem is the most common cause of nosoco- mial infection, they are recognized as one of the most difficult to control and treat resistant agents. A. bau- mannii is the most important member of A. calcoaceticus- A. baumannii complex (ACB complex), which are closely related genetically then biochemical test systems are not able to identify unambiguously genomic species. Objective: To identify species of Acinetobacter sp. strains of ACB complex and sequence types of A. baumannii strains. Methods: Cross- sectional study. The subjects were 90 strains of ACB complex isolated and identified by biochemical methods at Hue University Hospital (UH) and Hue Central Hospital (CH). Perform- ing the multiplex PCRs on the target gene gyrB and sequencing rpoB gene to identify species. Determining of antibiotic resistance by Kirby-Bauer method. Multi Locus Sequence Type (MLST) method was performed for 24 strains of A. baumannii to identify sequence types. Results: Acinetobacter sp. were identified as A.bau- 191 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY mannii (85.6%), A. nosocomialis (11.11%) and A. pittii (3.33%). All strains of ACB complex were sensitive to colistin and resistant to cefotaxime, amikacin. More than 90% of A.baumannii strains were resistant to carbapenem. Eleven sequence types (STs) of A.baumannii strains were identified; two of them were news (ST1463 and ST1464) and seven STs belonged to the Clonal Complex 92 (CC92), the most globally distributed clones; the ST795, ST797 and ST1463 are circulating in both of hospitals. Conclusion: Combining multiplex PCRs on the target gene gyrB and sequencing rpoB gene have shown to be adequate for Acinetobacter sp. identification. MLST identified 11 sequence types from 24 A.baumannii isolates at two hospital in Hue. Key words: ACB complex, Acinetobacter baumannii; MLST. 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Trực khuẩn gram âm Acinetobacter baumannii là tác nhân gây nhiễm trùng bệnh viện quan trọng nhất hiện nay, thường được phân lập trên các bệnh như viêm phổi, nhiễm trùng vết mổ và nhiễm trùng máu từ những bệnh nhân nặng, suy giảm miễn dịch nằm ở các khoa Chăm sóc đặc biệt (Intensive Care Unit: ICU)[1]. Vi khuẩn này được ghi nhận đề kháng với hầu hết các nhóm kháng sinh, bao gồm cả kháng sinh nhóm carbapenem, nhóm kháng sinh được sử dụng rộng rãi để điều trị những bệnh nhiễm trùng nghiêm trọng do các loại vi khuẩn Acinetobacter đa kháng thuốc. Trong đó A. baumannii là thành viên quan trọng nhất của nhóm vi khuẩn A. calcoaceticus- A. baumannii (nhóm ACB) bao gồm: A. baumannii, A. nosocomialis, A. pittii và A. calcoaceticus, nhóm này có đặc điểm di truyền rất gần nhau và không thể phân biệt được bằng các phương pháp định danh dựa vào tính chất sinh hóa [2]. Bên cạnh đó, nhiều nghiên cứu đã cho thấy rằng dịch Acinetobacter liên quan đến chủng đa kháng thuốc có thể gặp trên toàn quốc và thế giới [3]. Do đó xếp nhóm các loài gần giống nhau thành một nhóm phức hợp có thể gặp nhiều khó khăn và có thể gây nhầm lẫn vì chúng có thể có ý nghĩa lâm sàng khác nhau.Vì vậy, việc định danh loài và xác định kiểu gen được đặt ra để phục vụ công tác nghiên cứu, kiểm soát nhiễm trùng và điều trị. Để góp phần hiểu rõ hơn về dịch tễ học phân tử của A. baumannii của các nhiễm trùng do A. baumannii ở hai bệnh viện Trung ương Huế và bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm định danh loài Acinetobacter sp. từ nhóm ACB đã được phân lập bằng nuôi cấy và xác định kiểu gen của các chủng A. baumannii. 2. ĐốI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHáP NGHIÊN CỨU 2.1. Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang 2.2. Đối tượng nghiên cứu: 90 chủng vi khuẩn thuộc nhóm ACB được thu thập từ tháng 3-2016 đến tháng 9-2016 ở các đơn vị lâm sàng khác nhau, trong đó có 73 chủng từ 16 đơn vị tại Bệnh viện Trung ương Huế và 17 chủng từ 5 đơn vị tại bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế. Những mẫu này đã được phân lập, định danh là vi khuẩn nhóm A. baumannii bằng bộ sinh phẩm định danh vi khuẩn API 20E (bioMérieux, Pháp). 2.3. Phương pháp nghiên cứu - Định danh loài bằng kỹ thuật PCR đa mồi trên gen gyrB và giải trình tự một phần gen rpoB theo quy trình của Lee và cộng sự (hình 1)[4]. Hình 1. Các vị trí bắt cặp của các mồi được sử dụng trong kĩ thuật PCR đa mồi trên gen gyrB, kích cỡ của sản phẩm PCR và các loài Acinetobacter sp. được đặc trưng (GS3 = A. pittii; GS = A. nosocomialis) - Xác định mức độ kháng kháng sinh bằng phương pháp Kirby- Bauer trên môi trường Mueller Hinton (MH) và đọc kết quả theo tiêu chuẩn CLSI (2015). - Xác định kiểu gen bằng kỹ thuật MLST cho 24 chủng A. baumannii được phân bố theo các khoa phòng bệnh viện (Bảng 1). Phân tích kết quả bằng hệ thống dữ liệu thông tin của Oxford [15]. 192 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY Bảng 1. Sự phân bố 24 chủng vi khuẩn A.baumannii sử dụng MLST ở khoa phòng bệnh viện Mã Bệnh viện Khoa phòng 597 Bệnh viện trung ương Huế Khoa Ngoại lồng ngực 5 Khoa Hồi sức Ngoại 270 Trung tâm Hồi sức tích cực S3 63 S2 789 6 Khoa Hồi sức tích và Đột quỵ 616 177 Khoa Nội 502 262 Khoa chấn thương chỉnh hình 375 Tai Mũi Họng 710 Hồi sức ngoại khu A 340 603 Hồi sức ngoại khu B S9 36 Bệnh viện trường ĐH Y Dược Huế Khoa Hồi sức cấp cứu34 S11 35 Ngoại Lồng ngực 29 31 Khoa Ngoại 22 Khoa chấn thương chỉnh hình Chương trình eBURSTv3 ( được sử dụng để phân lập các phức hợp kiểu gen và để đánh giá các mối quan hệ di truyền. 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN 3.1. Tỷ lệ nhiễm vi khuẩn nhóm ACB theo Khoa lâm sàng Biểu đồ 1. Tỷ lệ phân bố vi khuẩn nhóm ACB theo khoa lâm sàng 193 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY Nhiều nghiên cứu đã cho thấy A. baumannii liên quan nhiều nhất đến tình trạng nhiễm khuẩn bệnh viện ở khắp nơi trên thế giới, chiếm khoảng 80% số ca bệnh được báo cáo trong tài liệu [11]. Chúng phân bố chủ yếu ở khoa Chăm sóc đặc biệt từ bệnh phẩm đàm và mủ [12]. Ở Bệnh viện Trung ương Huế, khoa lâm sàng có tỷ lệ nhiễm Acinetobacter sp cao nhất là các khoa Chăm sóc đặc biệt (60,3%), còn ở bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế là ở các khoa Ngoại (70,6%). Acinetobacter sp được xem như là một tác nhân thường trú trong bệnh viện và có khả năng phát tán và lây lan thành các vụ dịch, đặc biệt là ở khoa Chăm sóc đặc biệt, ở những bệnh nhân nặng, nằm điều trị kéo dài, có thực hiện các thủ thuật xâm lấn giúp chẩn đoán, điều trị. 3.2. Định danh loài bằng kĩ thuật PCR đa mồi trên gen gyrB và giải trình tự một phần gen rpoB Bảng 2. Tỷ lệ phân bố 90 chủng vi khuẩn nhóm ACB API 20E Loài GyrB multiplex (N) Partial rpoB sequencing (N) Tổng % ACB A. baumannii 77 - 77 85,56 A.nosocomialis 9 1 10 11,11 A.pitii 2 1 3 3,33 A.calcoaceticus 0 - 0 0,0 Thực hiện hai kỹ thuật PCR đa mồi PCR1 và PCR2 cho tất cả 90 chủng Acinetobacter sp. xác định được 77 chủng thuộc loài A. baumannii (chiếm tỷ lệ cao nhất 85,56%), 9 chủng thuộc loài A. nosocomialis và 2 chủng thuộc loài A. pittii. Có hai chủng vi khuẩn âm tính với cả PCR 1 và 2, được xác định bằng giải trình tự một phần gen rpoB là A. nosocomialis và A. pittii (Bảng 2). Kết quả của chúng tôi phù hợp với các báo cáo khác ở Bệnh Viện Chợ Rẫy, Viện Pasteur Tp Hồ Chí Minh. [7], [8]. Bên cạnh đó, kết quả cho thấy kỹ thuật sinh học phân tử này là một công cụ có giá trị để xác định loài A. baumannii. 3.3. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn thuộc nhóm ACB Bảng 3. phân bố 90 chủng vi khuẩn nhóm ACB đề kháng kháng sinh A. baumannii (n=77) A.nosocomialis A.pitii Nhóm KS Kháng sinh R S R S R S β-lactam Cephalosporin Ceftazidime 30 µg 74 (96,1%) 3 9 1 2 1 Cefotaxime 30 µg 77 (100%) 0 10 0 3 0 Carbapenem Imipenem 10 µg 73 (94,8%) 4 7 3 2 1 Meropenem 10 µg 71 (92,2%) 6 7 3 2 1 Aminoglycoside Amikacin 30 µg Gentamycin 10 µg 72 (93,5%) 5 8 2 2 1 77(100%) 0 10 0 3 0 Fluoroquinolone Levofloxacin 5 µg Ciprofloxacin 5 µg 73 (94,8%) 4 7 3 1 2 73 (94,8%) 4 7 3 1 2 Sulfamide Sulfathomexazol/ Trimethoprim 25 µg 70 (90,9%) 7 8 2 2 1 Polymyxin Colistin 10 µg 0 (0,0%) 77 0 10 0 3 Kết quả kháng sinh đồ cho thấy vi khuẩn nhóm ACB đề kháng với hầu hết kháng sinh nhóm β-lactam, aminoglycoside, fluoroquinolone, sulfamide với tỷ lệ đề kháng cao, cao nhất là cefotaxim, amikacin (100%). Tỷ lệ đề kháng của A.baumannii với kháng sinh nhóm carbapenem cũng rất cao trên 90% (imipenem 73/77 và meropenem 71/77). Duy nhất chỉ có kháng sinh colistin là còn nhạy cảm 100% với tất cả các loài. Kết quả này cũng tương tự như báo cáo tại bệnh viện Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Trung Ương, Hà Nội, hơn 90% số chủng vi khuẩn phân lập được là đề kháng với cacbapenem; 25,4% kháng với tất cả các kháng sinh thuộc nhóm β-lactam, quinolones và aminoglycosides; tất cả các chủng vi khuẩn đều còn nhạy cảm với colistin [5]. Sự thường gặp của chủng A. baumannii kháng carbapenems đã đạt đến mức báo động trong thập kỷ qua ở những vùng khác nhau trên thế giới trong đó có việt 194 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY nam [9], tỷ lệ này đặc biệt cao ở các nước Đông Nam Á như Thái Lan (76,3%), Việt Nam (89,5%) và Singapore (90,5%) [10]. Ngoài ra, kết quả cũng cho thấy sự nổi lên của các chủng thuộc hai loài còn lại A. nosocomialis và A. pittii mặc dù ở mức độ thấp hơn. A.nosocomialis và A. pittii là những mầm bệnh cơ hội quan trọng cũng có liên quan đến sự bùng phát nhiễm trùng bệnh viện [6]. Vi khuẩn ngày càng trở nên đề kháng kháng sinh làm cho việc điều trị một số bệnh nhiễm trùng bị thất bại. Tần số cao bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch, liên quan đến việc nằm điều trị lâu dài tại các đơn vị ICU, cùng với các bề mặt của các dụng cụ can thiệp ở bệnh nhân như catheter, shunts, ventilators và tiếp xúc vật lý trong quá trình chăm sóc người bệnh làm cho bệnh viện trở thành môi trường lý tưởng cho sự phát triển và lan truyền của vi khuẩn A. baumannii gây bệnh cơ hội. Kháng sinh được sử dụng một cách rộng rãi để điều trị các bệnh nhiễm trùng, sự lạm dụng kháng sinh quá mức đã tạo áp lực cho vi khuẩn phát triển thành những dòng kháng thuốc. 3.4. Multilocus Sequence Typing của A. baumannii và phân tích eBURST v3 A. baumannii kháng carbapenem (CRAb) được đánh giá là một trong những loại vi khuẩn khó điều trị và kiểm soát, tạo ra mối quan tâm lớn của cộng đồng. Điều này tạo ra nhu cầu theo dõi liên tục sự phát triển và lây lan của chúng thông qua các cuộc điều tra dịch tễ học phân tử. Kết quả phương pháp phân tích kiểu chuỗi dựa vào bảy đoạn gen khác nhau (MLST) để theo dõi nguồn lây truyền và bùng phát các chủng A. baumannii gây nhiễm trùng bệnh viện, MLST là một công cụ hiệu quả giúp phân loại kiểu gen, lưu trữ và tái sử dụng các dữ liệu gen trên hệ thống. Mười một kiểu gen (ST) khác nhau đã được xác định trên 24 chủng A.baumannii; bao gồm kiểu gen ST795 (8/24) và ST797 (4/24) , tiếp theo là ST1463 (2/24), ST800 (2/24), ST451 (2/24) và các kiểu gen ST195, ST738, ST801, ST848, ST860 và ST1464 chỉ gặp ở một chủng. Biểu đồ 2 dưới đây thể hiện kết quả MLST. Kết quả MLST cho thấy sự lan truyền các chủng A.baumannii trong bệnh viện và giữa các bệnh viện vì cả hai đều đang lưu hành các kiểu gen tương tự nhau (ST795, ST797 và ST1463). Nhóm kiểu gen ST195 kháng carbapenem, phân lập ở Bệnh viện Trung ương Huế, đã được tìm thấy trước đây (từ tháng 8 năm 2010 đến tháng 12 năm 2014) ở Hà Nội (doi: 10.1007/ s10096-016-2784-8), trong khi ST795, ST797 hiện diện ở cả hai bệnh viện, và ST800 và ST801, hiện diện ở Bệnh viện Trung ương Huế, gần đây được tác giả Tatsuya Tada (Hồ Chí Minh) phân lập tại thành phố Hồ Chí Minh, nhưng số liệu vẫn chưa được công bố [14]. Một số chủng ở các khoa phòng thuộc nhiều bệnh viện ở Việt Nam, có kiểu gen tương đồng có thể giải thích do sự lây truyền giữa hai bệnh viện qua bệnh nhân và/hoặc nhân viên y tế, đặc biệt là các bác sĩ làm việc ở nhiều bệnh viện ... Vấn đề này đòi hỏi việc giám sát lây lan A.baumannnii nên được thực hiện bằng việc cải thiện các biện pháp vệ sinh, như rửa tay trước khi chăm sóc bệnh nhân và đảm bảo rằng các thiết bị y tế được sử dụng trên bệnh nhân được khử trùng một cách hiệu quả [13], đặc biệt trong các Khoa Ngoại của bệnh viện Đại học Y Dược Huế và trong Khoa Hồi sức tích cực của Bệnh viện Trung ương Huế, nơi các chủng A. baumannii được phân lập chủ yếu, có thể hạn chế sự khuếch tán giữa các khoa và bệnh viện. Phân tích bằng chương trình eBurst cho thấy bảy trong số mười một kiểu gen xác định thuộc phức hợp dòng vô tính 92 (CC92) tương ứng với phức hợp CC2 thuộc hệ thống Pasteur, dòng này chiếm chủ yếu và phân bố rộng khắp trên thế giới [15]. Hai trong bốn kiểu gen không thuộc CC92 là các kiểu gen mới: ST1463 (2/24) và ST1464 (1/24) do bắt nguồn từ sự kết hợp mới của các allen đã có trong cơ sở dữ liệu MLST của A.baumannii. Trong hai chủng có kiểu gen ST1463, một chủng được phân lập ở bệnh viện ĐHY Dược Huế (Khoa ngoại lồng ngực) đề kháng carbapenem, chủng còn lại được phân lập từ đơn vị ICU ở Bệnh viện Trung ương Huế nhạy cảm với carbapenem và các kháng sinh khác. Hai kiểu gen còn lại là ST738 thuộc CC109 (Pasteur CC1) và ST860. (Bảng 1) Biểu đồ 2. Phân bố các kiễu chuỗi của A. baumannii trong hai bệnh viện 195 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY Hình 2. Kết quả phân tích eBURST 7 kiểu gen (STs) của A.baumannii thuộc CC92 (ST195, ST801, ST451, ST848, ST800, ST797, ST795) CC92 Kết quả từ sơ đồ eBurst cũng cho thấy tại Bệnh viện Trung ương Huế, đang có sự tiến hóa của một chủng mang kiểu gen ST848 (chủng n ° 603) bắt nguồn từ ST451 (n ° 710), là biến thể locus duy nhất của nó trong allele gyrB (Hình 2). 4. KẾT LUẬN Phối hợp kỹ thuật PCR đa mồi trên gen gyrB và giải trình tự gen rpoB cho phép xác định được các loài Acinetobacter sp. Các loài Acinetobacter sp. được định danh là: A.baumannii (85.6%), A. nosocomialis (11,11%) và A. pittii (3,33%). Kỹ thuật MLST xác định được 11 kiểu gen từ 24 chủng A.baumannii ở hai bệnh viện ở Huế; trong số đó có hai kiểu gen mới (ST1463 và ST1464) và 7 kiểu gen thuộc phức hợp dòng vô tính 92 (Clonal Complex 92-CC92); cả hai bệnh viện đang lưu hành các chủng có kiểu gen tương tự nhau (ST795, ST797 và ST1463). TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Bernards A.T, Toorn J.Van Der, Van Boven C. P. A, and Dijkshoorn L (1996). “Evaluation of the ability of a commercial system to identify Acinetobacter genomic species”. Eur. J. Clin. Microbiol. infect. Dis., vol. 15, no. 4, pp. 303–308. 2. H. J. Doughari, P. A. Ndakidemi, I. S. Human, and S. Benade(2011), “The ecology, biology and pathogenesis of Acinetobacter spp.: an overview.,” Microbes Environ., vol. 26, no. 2, pp. 101–112. 3. L. L. Maragakis and T. M. Perl (2008) “Antimicrobial Resistance: Acinetobacter baumannii: Epidemiology, Anti- microbial Resistance, and Treatment Options,” Clin. infect. Dis., vol. 46, no. 8, pp. 1254–1263. 4. M. J. Lee et al.(2014), “Comparison of rpoB gene sequencing, 16S rRNA gene sequencing, gyrB multiplex PCR, and the VITEK2 system for identification of Acineto- bacter clinical isolates,” Diagn. Microbiol. infect. Dis., vol. 78, no. 1, pp. 29–34, 2014. 5. N. Suwantarat and K. C. Carroll (2016), “Epidemiol- ogy and molecular characterization of multidrug-resistant Gram-negative bacteria in Southeast Asia ,” Antimicrob. Resist. Infect. Control, vol. 5, no. 1, p. 15. 6. H. Van Dessel et al.,(2002) “Outbreak of a suscep- tible strain of Acinetobacter species 13 (sensu Tjernberg 196 Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế - Tập 7, số 5 - tháng 11/2017 JOURNAL OF MEDICINE AND PHARMACY and Ursing) in an adult neurosurgical intensive care unit,” J. Hosp. infect., vol. 51, no. 2, pp. 89–95,. 7. Dương Hoàng Lân, Trần Thị Thanh Nga, Mai Ng- uyệt Thu Hồng, Lục Thị Vân Bích (2012).“Tình hình nhiễm Acinetobacter spp nhập viện tại Bệnh viện Chợ Rẫy từ 01- 9-2010 đến 31-12-2010”. Tạp chí Y học TP Hồ Chí Minh. , 16 (1), tr.104-109. 8. Ngô Thị Hồng Phương, Nguyễn Quốc Hiệu, Cao Hữu Nghĩa, Vũ Lê Ngọc Lan, Trần Thái Thanh (2013). “Tình hình kháng kháng sinh của Acinetobacter baumannii phát hiện được tại viện Pasteur Tp Hồ Chí Minh”. Tạp chí Khoa học ĐHSP TPHCM. 47, tr.112-118. 9. R. Zarrilli, M. Giannouli, F. Tomasone, M. Triassi, and A. Tsakris (2009), “Carbapenem resistance in Acineto- bacter baumannii: The molecular epidemic features of an emerging problem in health care facilities,” J. infect. Dev. Ctries., vol. 3, no. 5, pp. 335–341. 10. P. Kiratisin et al (2012), “Comparative in vitro activity of carbapenems against major Gram-negative pathogens: Results of Asia-Pacific surveillance from the COMPACT II study,” Int. J. Antimicrob. Agents, vol. 39, no. 4, pp. 311–316. 11. Apic (2010), Guide to the Elimination of Acineto- bacter baumannii Transmission in Healthcare Settings. 12. J. Wang et al.(2014), “Species distribution of clini- cal Acinetobacter isolates revealed by different identifica- tion techniques,” PLoS one, vol. 9, no. 8, pp. 1–7. 13. L. Dijkshoorn, A. Nemec, and H. Seifert (2007), “An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acine- tobacter baumannii,” Nat Rev Microbiol, vol. 5, no. 12, pp. 939–951. 14. A. Hamouda, B. A. Evans, K. J. Towner, and S. G. B. Amyes (2010), “Characterization of epidemiologically unrelated Acinetobacter baumannii isolates from four continents by use of multilocus sequence typing, pulsed- field gel electrophoresis, and sequence-based typing of blaOXA-51-like genes,” J. Clin. Microbiol., vol. 48, no. 7, pp. 2476–2483. 15. Acinetobacter baumannii MLST (Oxford) data- base. https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_abau- mannii_oxford_seqdef

Các file đính kèm theo tài liệu này:

  • pdfdac_diem_dich_te_hoc_phan_tu_cua_chung_vi_khuan_acinetobacte.pdf
Tài liệu liên quan